Thunderbird2.0にバージョンアップしてからメッセージフィルタで設定してあるタグが振分時につかないな～とおもってたのですが原因が判明。
ツール→オプション→プライバシー→ウイルス対策のタブ
受信したメッセージは一旦個別の一時ファイルとして保存してからメールボックスに移動させるにチェックがついていると、受信後にメッセージフィルタを使ってタグをつけて受信トレイにタグ（色分け）しておきたいときにうまく動作しない様子。このチェックをはずすとちゃんとタグ（色）がつきます。（手動でメッセージフィルタを適応した時は問題ないのですが、受信後に自動でメッセージフィルタが適応されたときにうまく動かない）