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ファイルのSHA-1とかMD5を求める方法。Microsoft純正のツール「File Checksum Integrity Verifier utility(fciv.exe)」があるので紹介。とは言っても標準ではついてこないので、Download Centerからダウンロードしないといけません。

fciv.exe -help
//
// File Checksum Integrity Verifier version 2.05.
//
Usage:  fciv.exe [Commands]
Commands: ( Default -add )
-add     : Compute hash and send to output (default screen).
dir options:
-r       : recursive.
-type    : ex: -type *.exe.
-exc file: list of directories that should not be computed.
-wp      : Without full path name. ( Default store full path)
-bp      : specify base path to remove from full path name
-list            : List entries in the database.
-v               : Verify hashes.
: Option: -bp basepath.
-? -h -help      : Extended Help.
Options:
-md5 | -sha1 | -both    : Specify hashtype, default md5.
-xml db                 : Specify database format and name.
To display the MD5 hash of a file, type fciv.exe filename
Compute hashes:
fciv.exe c:\mydir\myfile.dll
fciv.exe c:\ -r -exc exceptions.txt -sha1 -xml dbsha.xml
fciv.exe c:\mydir -type *.exe
fciv.exe c:\mydir -wp -both -xml db.xml
List hashes stored in database:
fciv.exe -list -sha1 -xml db.xml
Verifications:
fciv.exe -v -sha1 -xml db.xml
fciv.exe -v -bp c:\mydir -sha1 -xml db.xml

ファイルの MD5 または SHA-1 ハッシュ暗号値を計算する方法。(Microsoft)
可用性と ファイル チェックサム整合性検証 ユーティリティの説明(Microsoft)
ハッシュ値を利用してファイルの同一性をチェックする(@IT)

追記
wMD5sum
wSHA1sum