自分のこのサイトにトラックバック打つと「HTTP error: 403 Throttled」と出てエラーになるので調査
Movable Type の HTTP error: 403 Throttled に関するまとめ(hxxk.jp)
ここが説明としては、詳しかったです。対策としては、MovableTypeにパッチをあてて対応するパターン１と、mt-config.cgiのパラメータで調節するパターン２とあります。
パターン１
MovableType 3.2、MT::App::Trackback.pmの修正(ここギコ！)
3.2-ja-2 UO Patch(OgawaCode Wiki)
パターン２
HTTP error: 403 Throttled(ti-web.net blog)
自分の場合は、今後のバージョンアップもあるので、本体にはあまり手をいれたくないので、パターン２で試してみました。
mt-config.cgiに以下を追加（左の数値は指定がない場合のデフォルト値）
OneHourMaxPings 10 → 50
OneDayMaxPings 50 → 250