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Linuxのサービス（デーモン）の起動、停止の件、
「service」コマンドと「/etc/init.d/」とありますが、引き継がれる環境変数とか違うとの記事。知らずに気分で使いわけてた(笑)
「service」コマンドのほうが、OSの起動時に近いのでこちら推奨という感じですね。

確かに、OracleなりTomcatなり起動時に環境変数が必要なものは気をつけないと、手動では動くのにOSの起動時だとおかしくなるとかなりそうですよね、あとありがちなのがCronに登録するシェルとかで、パスが切れてないとか。

デーモンの起動・終了にはserviceコマンドを利用しよう(インフラエンジニアway – Powered by HEARTBEATS)