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届いてほったらかしだったのですが、やっぱりroot化しようとおもって作業
とりあえず、カスタムROMはおいといて、StockをUnlockしてSuperSUをいれてroot化です。
まぁ、他のNexusシリーズ同様、普通に簡単ですが、以下自分用メモ

◆前準備
※Android SDKのインストール
http://developer.android.com/sdk/index.html

※SuperSUのダウンロード(zipファイルをダウンロードしておく)
http://forum.xda-developers.com/showthread.php?t=1538053

※ClockworkMod recoveryのダウンロード
http://www.clockworkmod.com/rommanager/
または、TWRPをダウンロード
http://www.teamw.in/project/twrp2/103
(あくまで個人の感想ですが、TWRPは高機能なのですが、間違えて(うっかり)ストレージをwipeしちゃったことあるので、CWMのほうが安心かな)

※Nexus7のUSBデバックをONにする。
設定→タブレット情報→ビルド番号を7回程連打
→設定に開発向けオプションのメニューが追加
この中にUSBデバックのチェックをつける

◆Unlock
※PCとUSB接続する
「USBデバックを許可しますか？」とでるので
「このパソコンからのUSBデバックを常に許可する」にしてOK

※コマンドプロンプトよりAndroid SDKを使って
→ブートローダにする

adb reboot bootloader

→BootloaderをUnlockする(データが全部消えるので注意)

fastboot oem unlock

→英語で確認画面がくるので、電源上下でYesを選択して電源ボタンで決定
上に小さくUnlocking Now → Done となると、ドロイド君したのステータス
が「LOCK STATE – UNLOCKED」となります。

→リブート

fastboot reboot

Unlockすると鍵マークが現れます

◆root化

※一旦起動してUSBデバックを再度ONにする

※SuperSUのファイルを内蔵ストレージに送る

adb push UPDATE-SuperSU-v1.25.zip /sdcard/

※CWMをrecoveryに焼く(TWRPの場合はそのファル名と置き換え)

adb reboot bootloader
fastboot.exe flash recovery recovery-clockwork-6.0.3.1-grouper.img

※電源上下で、Recovery modeを選んで電源で起動

※ClockworkMod Recoveryが起動

「install zip from sdcard」を選択
「choose zip from sdcarc」を選択
 /0/UPDATE-SuperSU-v1.25.zip を選択
「Yes - Install UPDATE-SuperSU-v1.25.zip」を選択

※再起動したら完了

◆その他
/system/recovery-from-boot.pをリネームしておかないとrecoveryがもどってしまうので以下作業は必要、たぶん、再起動してrecoveryがリカバリされているので再度CWMなどを焼く必要があるかも。

adb shell
cd /system
mv recovery-from-boot.p recovery-from-boot.bak